1531 gab Münster die Grammatica Rabbi Mosche Kimhi, die hebräische Grammatik des mittelalterlichen jüdischen Grammatikers Moses Kimchi, einschliesslich einer lateinischen Übersetzung heraus. Er sah es als Lebensaufgabe, die von Johannes Reuchlin (1455-1522) und Konrad Pelikan (1478-1556) für den deutschen Raum begründete christliche Hebraistik fortzusetzen und sie in Richtung einer Orientalistik auszuweiten. Münster publizierte zunächst lexikographische Werke, die sich unter anderem mit der hebräischen, aramäischen, griechischen und lateinischen Sprache befassten. Seine hebraistischen Werke wurden an Universitäten als Lehrbücher eingesetzt, und Basel wurde unter ihm und seinem Nachfolger Johannes Buxtorf zu einem Mittelpunkt christlicher Hebraistikstudien. So wichtig sein Engagement für diese Studien und seine ersten Schritte als Wegbereiter der Toleranzidee für den Humanismus waren, blieb er doch in vielen judenfeindlichen Klischees seiner Zeit verhaftet. Dennoch schätzte und nutzte Münster die jüdische Wissenschaft, was ihm nicht nur Lob einbrachte. Noch nach seinem Tod wollte man ihn als Ketzer verfolgen und führte als Beweis beispielsweise ein in seinem Nachlass gefundenes Buch über hebräische Zauberformeln an.

Die hebräische Grammatik ist in der Ausstellung zu sehen.
Universitätsbibliothek Basel, FA VIII 19:1