Münsters Hauptgeschäft an der Universität Basel war die Hebraistik, wo er neben der Lehre bedeutende sprachwissenschaftliche Werke publizierte, sowie zeitweise auch die Theologie. Doch wie viele humanistische Gelehrte interessierte er sich gleichzeitig für die Naturwissenschaften und die Geographie. Dies ist in Münsters Denken kein Widerspruch, da für ihn das Studium der Natur dem Wunsch entspringt, Gottes Schöpfung im Detail zu kennen und zu würdigen. In fast zwanzigjähriger Arbeit trug er das Material für die monumentale Weltbeschreibung zusammen, die sein berühmtestes Werk werden sollte.
Das Buch stellt die Welt und die Kultur ihrer Bewohner in Vergangenheit und Gegenwart dar, reich bebildert durch kunstvolle Holzschnitte mit neuen Landkarten, Stadtansichten und Portraits sowie Darstellungen von Flora und Fauna, von Menschen bei der Arbeit und bei Kriegshandlungen, und erklärt alles verständlich und unterhaltsam in der Volkssprache. In der Vorrede an den Leser beschreibt Münster seinen Service für das Publikum: ‚Zu unseren Zeiten ist es nit gar von nöten, das du weit hin und här auff der erden umbhär schweiffest, zu besichtigen und erfaren gelegenheit der länder, stett, wässer, bergen und thäler, item sitten, gebreuch, gesätzt und regiment der menschen, eygenschafft und natur der thier, bäum und kreuter. Du magst dise Ding jetzunt in Büchern finden, und dar auß mer lernen und erkennen von disem oder jhenem Land, dan etwan ein ander, der gleich darin ist gewesen jar und tag.’
Bemerkenswert ist, dass Münsters primäres Ordnungsprinzip der geographische Raum ist, mit einem Akzent auf der kartografischen Darstellung, womit er an Ptolemäus anknüpft. Gleichzeitig verbindet er diesen Zugang jedoch mit der beschreibenden Tradition der Antike, weshalb er als der ‚deutsche Strabo’ bezeichnet wurde. Nach einigen Übersichtskarten lässt Münster im ersten Buch einer Erläuterung der ptolemäischen Vermessungsmethoden eine Darstellung der Schöpfung folgen. Das zweite Buch widmet sich dann West- und Südwesteuropa, das deutlich längste dritte Buch der ‚Deutschen Nation’, und das vierte Nord-, Ost- und Südosteuropa.
Der Rest der Welt wird in den frühen Ausgaben ab 1544 sehr kurz abgehandelt, im fünften Buch zu Asien und den ‚Neuen Inseln’, im sechsten zu Afrika. Mit zunehmender Entfernung wird die Darstellung der fernen Weltgegenden immer fantasievoller. Hier bediente sich Münster unter anderem bei dem fiktionalen mittelalterlichen Reisebericht des ‚Jehan de Mandeville’. 1550 erschien eine wissenschaftliche Ausgabe auf Latein. Die Cosmographia verbindet Geographie, Chorographie, Chronik und Reisebericht und fasst damit nicht nur das verfügbare Weltwissen zusammen, sondern erschafft auch eine – klar eurozentrische – Vorstellung der Welt, die lange fortwirkte und damit Teil der Realität geworden ist.